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区别一：目的不同
上海虹口EDI许可证是由上海市虹口区工商行政管理机关颁发的，主要是为了规范区内企事业单位使用电子数据交换系统的行为。该许可证的目的是保障电子数据交换系统的正常运行，促进信息化发展，提高企业的竞争力。
而ICP经营性许可证是由国家互联网信息办公室颁发的，主要是为了规范互联网信息服务提供者的行为。该许可证的目的是保护互联网信息的安全和合法性，维护互联网市场的正常秩序，促进互联网行业的健康发展。
区别二：适用范围不同
上海虹口EDI许可证适用于在上海市虹口区内的企事业单位，特别是那些需要使用电子数据交换系统进行业务传输和管理的企事业单位。这些企事业单位需要申请该许可证，并遵守相关规定，才能合法地使用电子数据交换系统。
ICP经营性许可证适用于在中国境内从事互联网信息服务业务的各类主体，特别是那些提供网站或应用程序等互联网信息服务的企事业单位。这些企事业单位需要申请该许可证，并遵守相关规定，才能合法地从事互联网信息服务业务。
区别三：管理机构不同
上海虹口EDI许可证的颁发机关是上海市虹口区工商行政管理机关，该机关负责监督和管理虹口区内企事业单位的电子数据交换系统的使用行为。如果企事业单位有任何违规行为，该机关有权进行处罚和制止。
ICP经营性许可证的颁发机关是国家互联网信息办公室，该机关负责监督和管理中国境内互联网信息服务提供者的行为。如果互联网信息服务提供者有任何违规行为，该机关有权进行处罚和制止。
总之，虽然上海虹口EDI许可证和ICP经营性许可证都是为了规范企业行为，但其目的、适用范围和管理机构存在一定的区别。企事业单位在进行业务发展时，需要根据自身的情况和需要，遵守相关的许可证要求，确保自己的业务合法、规范地进行。